问题：私募基金管理人A发行契约型基金B，B向合格投资者（自然人）募集资金，并投资于合伙型私募基金C（C的有限合伙人为管理人A，持股99%，普通合伙人为另一投资机构）。现C产生收益并分红给B，B再分配给自然人投资者。

请问：（1）纳税主体是否为自然人投资者？（2）私募基金管理人A是否有代扣代缴义务？（3）针对该笔收益分配，管理人A是否无需计入投资收益？

答：（1）纳税主体是不是自然人投资者？

根据《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）二、合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。

据此，纳税主体是自然人投资者。

（2）私募基金管理人A是否有代扣代缴义务？

中华人民共和国个人所得税法》第九条 个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。

据此，私募基金管理人A有代扣代缴义务。

（3）针对这笔收益分配，私募基金管理人A是否不需要计入投资收益？管理人A虽然是登记在合伙型基金C工商信息中的有限合伙人（LP），但这是代契约型基金B持有的名义权益，在经济实质上，该99%份额对应的资金来源于契约型基金B的投资者，收益的最终享有者是自然人投资者，而不是管理人A，

据此，针对这笔收益分配，私募基金管理人A不需要计入投资收益。