被稽查企业研发费用的风险，主要列举几个有代表性的：
补税罚款，加计扣除偷税
2024年4月28日，国家税务总局阜阳市税务局第一稽查局公布了一起案件，某科技企业因虚构研发项目、虚报研发费用，企图“吃”国家税收优惠的“免费午餐”，结果被依法查处，不仅需补缴税款104万元，还额外承担了滞纳金和罚款，总金额高达180万元！
取消资格，高企研发费用不合规
某电子科技公司在申报高新技术企业资格时，通过虚构不合规的研发项目和费用支出凭证，将一些原本属于常规生产环节的成本列为研发费用。后续的复查中被发现问题，不仅被取消了资格，还需要补缴之前享受的税收优惠，同时面临着法律责任的追究。
上市受阻，研发费用账实不符
2024 年 2 月，上海证券交易所终止了 A 公司的发行上市审核。5 月，上交所发布了对 A 公司的纪律处分决定书，曝光其科创属性造假的细节：公司没有将专职研发人员参与非研发活动对应的职工薪酬按照工时分摊，而是全部计入研发费用中，涉及金额 800 多万元。同时公司账载研发领料数据与原始单据不匹配，合计涉及金额 670 万元。
从近两年已经曝光的研发费用违规案例看，企业研发费用主要问题集中在以下几个方面。
1.核算范围问题
企业在核算过程中容易忽视不同口径的差异，如高新技术企业的申报口径与研发费用加计扣除项目的申报口径。
2.费用归集不准确
企业可能会将非研发活动的费用错误地归集到研发费用中。如，将常规的产品质量检测费用（这属于生产环节的质量控制成本）计入研发费用。
3.科目设置不合理
有些企业没有按照研发项目单独设置研发支出辅助明细账，导致无法准确区分不同研发项目的费用支出。对于于研发费用的明细科目分类不清晰。
4.研发费用占比不达标
研发投入不正常，主要包括投入结构不合理、投入忽高忽低等情况。
5.项目阶段划分不清
研发项目立项后，由于阶段划分不明确，导致后续投入的费用流向无法清晰界定，影响财务核算。
6.研发人员统计和记录不清晰
研究开发项目立项书中未列示的管理人员薪酬、生产人员薪酬等计入研发费用。
