问题：码头因增加生产库场需要，拆除2002年建造的简易仓库（己办固定资产报废手续）。与施工单位签订了拆除工程合同、随即与另一回收公司签订了废料收入合同。请问该拆除工程款开具专票且可抵扣吗？另拆除该仓库产生的废料收入是否可以按简易征收来计缴增值税？此外，计缴该增值税后的附加税费（城建税、教育费附加）是否一并归入固定资产清理核算？

答：1、《营业税改征增值税试点实施办法》规定，
第二十七条（四）非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务的进项税额不得从销项税额中抵扣：

第二十八条三款非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。

据此，企业取得拆除工程款开具专票，其进项税额允许从销项税额中抵扣。

2、《财政部、国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税[2008]170号）第四条（二）规定，2008年12月31日以前未纳入扩大增值税抵扣范围试点的纳税人，销售自己使用过的2008年12月31日以前购进或者自制的固定资产，按照简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税；
本通知所称已使用过的固定资产，是指纳税人根据财务会计制度已经计提折旧的固定资产。
据此，销售废料收入，不属于销售自己使用过的固定资产，应按13%计缴增值税。

3、《企业会计准则——应用指南》会计科目和主要账务处理
1606固定资产清理
（二）清理过程中应支付的相关税费及其他费用，借记本科目，贷记“银行存款”、“应交税费——应交营业税”等科目。收回出售固定资产的价款、残料价值和变价收入等，借记“银行存款”、“原材料”等科目，贷记本科目。

据此，拆除固定资产，应支付的相关税费，计入“固定资产清理”科目。