答：《增值税暂行条例》第二十二条（一）规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

据此，总分公司机构分别缴纳增值税，应按规定标准分别确认一般纳税人或小规模纳税人。