根据《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火〔2016〕32号，以下简称“32号文件”）规定，高新技术企业认定是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。

问题一、高新技术企业股权转让业务适用税率如何确定？

答：《中华人民共和国企业所得税法》第二十八条规定，国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。

《财政部 国家税务总局 科学技术部关于修订印发《高新技术企业认定管理办法》的通知》（国科发火[2016]32号）第十一条 认定为高新技术企业须同时满足以下条件：

（六）近一年高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%；

根据上述规定，高新技术企业当年高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%；取得股权转让所得，适用15%的优惠税率缴纳企业企业所得税。

问题二、高新技术企业查补税款能否适用15%税率？

答：《中华人民共和国企业所得税法》第二十八条规定，国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。

根据《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）规定，根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称企业所得税法）第五条的规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。

弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行处理或处罚。

根据上述规定，企业用弥调整后的应纳税所得额弥补以前年度税法上的亏损，弥补亏损后的应纳税所得额仍为负数的，无需补缴企业所得税。但是如果税务机关检查发现企业不符合高新技术企业规定条件的，不得享受15%优惠税率。

问题三、高新技术企业技术转让所得减半征收适用15%税率？

答：根据《关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》国税函[2010]157号 第一条第（三）项规定，居民企业取得中华人民共和国企业所得税法实施条例第八十六条、第八十七条、第八十八条和第九十条规定可减半征收企业所得税的所得，是指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。

因此，居民企业（包括高新技术企业）技术转让所得超过500万元的部分，均应按照25%的税率减半缴纳企业所得税。

问题四、高新技术企业注销是否适用15%的优惠税率？

答：根据《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第四条规定，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。

根据《国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业清算所得税申报表》的通知》（国税函[2009]388号）附件2:《中华人民共和国企业清算所得税申报表填表说明》，第十二行“税率”明确为“填报企业所得税法规定的税率25%”。

根据上述规定，高新技术企业注销应当适用25%的税率，不得适用15%的优惠税率。

问题五、高新技术企业境外所得能否全部按照15%税率计算抵免限额?

答：《财政部国家税务总局关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》（财税[2011]47号 ）就高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免有关问题补充明确：以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品（服务）收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。

按照上述规定，不是所有高新技术企业在境外设立的企业分回的利润都已可以享受按照15%优惠税率计算抵免限额，符合上述条件情形的必须是居民企业从境外设立不具有独立法人资格的分支机构取得的各项境外所得。